从魏塘镇台基村、小横港村和姚庄镇莲花泾村、丁栅镇张安村等新石器时代遗址中出土文物说明，早在6000多年前，境内已有从事水稻栽种、猪狗饲养及渔猎、制陶等生产劳作的人类活动。

明代宣德四年（1429）三月，巡抚、大理寺卿胡概巡视江南后，以地广赋繁奏请划增县。下一年三月，敕分嘉兴县东北境之迁善、永安、奉贤三个乡和胥山、思贤、麟瑞三乡之一部分置嘉善县，隶属嘉兴府。咸丰十年（1860）至同治二年（1863），太平天国曾在境内设立地方政权。

1949年5月11日，嘉善解放，隶属浙江省专员公署。11月，嘉善县隶属浙江省和嘉兴专署。1958年11月嘉善县建制撤销，并入嘉兴县。1961年4月9日依原辖区重新建置。