承担全县工业固体废物、医疗废物等贮存、转移、综合利用和处置等服务性工作。为全县土壤、地下水等污染防治和生态保护的管理提供服务。指导服务全县农村生态环境保护、农业面源污染治理工作。协助开展全县固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理工作，为实施危险废物经营许可、固体废物转移许可、有毒化学品进出口登记、新化学物质环境管理登记等环境管理制度提供服务。完成嘉兴市生态环境局嘉善分局交办的其他任务。

承担全县生态环境质量监测、环境应急监测和风险预警监测工作，为重大活动与重大案件提供生态环境监测保障。为全县生态环境管理与决策提供技术支持。协助做好全县生态环境执法监测工作，编制并提供生态环境质量监测评价报告和有关生态环境状况分析报告。

嘉善县生态环境保护综合行政执法队，为副科级事业单位。县生态环境保护综合行政执法队以生态环境部门的名义统一行使行政处罚权（经批准纳入县综合行政执法的除外）以及与行政处罚相关的行政检查、行政强制权等执法职能。主要职责是：承担污染防治执法和生态保护执法事项及案件查处工作，依法开展污染防治、生态保护、核与辐射安全等方面的日常监督检查。配合开展交叉执法、异地执法，以及重大生态环境问题和跨行政区域生态环境问题的处理工作。组织实施建设项目环境保护设施“三同时”制度。配合实施限期治理、挂牌督办和生态环境执法后督查工作。负责生态环境应急预警、在线监控、12369环境投诉处置工作。承担机动车污染防治管理工作。