负责机关日常运转，承担文秘、宣传、信访、机要、保密、档案、后勤等工作。负责人大政协建议提案、领导重要批示件督办工作。负责新闻发布和政务信息工作。负责局属国有资产的监督、指导、检查、登记工作。编制部门预决算并组织实施。承担财务管理、资产管理和内部审计工作。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。负责机关和所属单位干部人事管理、机构编制、教育培训等工作。指导系统队伍建设。承担水利体制改革的有关工作。负责离退休干部服务管理工作。负责机关和所属单位党的建设和群团工作。

拟订水利发展规划，组织编制水利综合规划、专业规划、专项规划和水利科技发展规划，审核水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计报告，组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。提出中央水利资金和省、市、县级财政性水利资金安排建议，统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。组织实施中央和省、市、县级水利建设投资计划。承担水利统计工作。组织水利科学研究、技术引进、科技推广。承办对外交流工作。负责水利信息化建设。指导水利工程建设管理，组织实施水利工程质量和安全监督，开展水利建设市场的监督管理，指导水利建设市场信用体系建设，监督实施水利建设和水利行业的技术标准、规程规范、定额，承担水利行业安全生产监督管理工作。审核圩区、水闸、泵站等水利工程运行调度、控制运行计划，指导圩区、水闸、泵站等水利工程的运行管理与划界，开展水利工程运行管理市场的监督管理。组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导圩区防洪排涝工程、节水灌溉有关工作以及农村水利社会化服务体系建设。

承担实施最严格水资源管理制度相关工作。组织实施取水许可制度，指导水量分配并监督实施，指导河湖生态流量水量管理，组织实施水资源保护有关工作，组织开展水资源评价工作。拟订节约用水政策，组织指导计划用水、节约用水工作。指导和推动节水型社会建设工作。指导开展河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。指导水域及其岸线的管理、保护与综合利用。指导重要河湖的治理、开发和保护。承担水土流失综合防治工作。组织编制水土保持规划并监督实施，审核有关建设项目水土保持方案并监督实施。承担水利行业依法行政有关工作，参与有关行政规范性文件的起草。承担行政审查、审批、行政应诉等有关工作。指导农村饮水安全管理工作。承担水情旱情预警工作。组织指导水文工作。参与水利法制宣传教育和水利领域“最多跑一次”改革工作。